第三阶段
13、《美国队长3》（2016）
剧情梗概：由于对抗奥创的那次行动造成大量平民伤亡，复仇者联盟受到抗议。政府想通过一项协议来监管超级英雄。由此联盟内部分裂成以钢铁侠为代表的赞同派和以美国队长为代表的反对派。两派对抗期间钢铁侠得知父母的遇难真相，最终罪魁祸首莫泽男爵被绳之以法。
重要事件：黑豹登场、蜘蛛侠登场
彩蛋：黑豹将冬兵带到瓦坎达接受治疗。蜘蛛侠彼得·帕克回到家中，预示归来。
14、《奇异博士》（2016）
剧情梗概：神医斯特兰奇遭遇车祸，受伤的双手无法再拿起手术刀。在前往尼泊尔寻找治疗方法的过程中拜入无上大法师古一门下，最终继承了大法师的衣钵，利用阿加摩托之眼赶走了黑暗统治者多玛姆。
重要事件：时间宝石出现（即阿加摩托之眼）
彩蛋：雷神为了寻找洛基来到奇异博士住所。莫度法师黑化。
15、《银河护卫队2》（2017）
剧情梗概：星爵遭遇女祭司阿耶莎的追杀，被星爵的生父伊格救下。在与父亲重逢的过程中，星爵发现了父亲的巨大阴谋，最终一行人联手打败了伊戈。
重要事件：勇度牺牲、第一代银河护卫队登场
彩蛋：勇度副手克拉格林继承了哨箭。第一代银河护卫队成员重聚。阿耶莎创造魔士亚当。格鲁特进入叛逆期。漫威之父斯坦·李给宇宙观察者讲故事。